微生物的形态结构具有很强的疏水性。对于固体粉末形式的微生物来说(例如毛霉菌)，在水中稀释时不易润湿，可能导致材料分散不均匀，大田应用效果不理想等。因此，微生物制剂选择合适的制剂类型至关重要。

·   菌落形成单位计数（CFU）-该方法用于确定制剂中微生物的浓度，从而测定与制剂接触后能够产生菌落的微生物数量。通过这种方法可以推断产品在不同环境条件下的保质期。

真菌和细菌是用于农业市场中的两种主要微生物。将真菌和细菌与化学合成农药搭配使用，或取代化学合成农药,可起到促进作物生长、控制病虫害的作用。真菌和细菌虽然在应用方式上相似，但二者的细胞结构有所不同，所以它们在制剂中和田间应用中的表现也存在差异。微生物的化学成分和物理形态将决定如何提高生物效能最为适合。充分了解这些影响因素对成功研发制剂非常重要，它将有助于您优化制剂的生物效能以及制剂在田间应用中的有效利用率。

许多养殖户对微生物制剂一知半解甚至一点不懂，或受广告夸大宣传的影响，简单地认为使用微生物制剂时只要向池中泼洒即可，不管是什么菌藻的制剂、有何使用要求等，使用上存在着盲目性问题。事实上，因有益微生物制剂是由活菌组成的，其作用的发挥与施用活菌的数量、时间、气候、水质条件等均有直接影响。并且有益微生物制剂只有在水体中增殖到优势种群后才能发挥作用，如果微生物制剂没有形成大的群落、或者下塘后死掉、或者投入塘中的菌株藻种被鱼虾吃掉，等等，在这些情况下就是"用了白用"，有人用了后没有效果，也许就是这类情况。

制剂类型确定后，我们需要进行表面活性剂筛选，并评估其对微生物活力的影响。活性测试是制剂开发过程中必不可少的环节。推荐多种微生物活性测试方法来确保微生物制剂具有稳定性。微生物活性测试包括：

同时还需明确，不管选择何种微生物制剂，都要了解益生菌的只是发挥辅助作用，做到不夸大、不依赖、不盲从，理智选药。

使用微生物制剂微生物制剂能建立水体藻菌互利共生系统，稳定水质。通常视水色变化和透明度大小选用不同品种微生物制剂。水色变淡，透明度大于30厘米，使用氨基酸类制剂或EM菌；当水面出现油膜，表明水质老化，高温期间选用枯草芽孢杆菌。注意使用方直接影响使用效果。晴天或开机增氧情况下使用枯草芽孢杆菌，调水效果好；反之，阴雨天或氧气不足时使用，菌种则与蟹争夺氧气致使蟹缺氧爬草，或蜕壳不遂，甚至死亡。深秋河蟹性腺接近成熟，水体因河蟹四处爬行而浑浊，此时使用虾蟹净等微生物制剂改底调水。为确保微生物制剂使用效果，7天内不宜换水。