补充益生菌是重新平衡肠道的方法之一，益生菌有比较强的抗菌活性，能够改善肠壁的功能，对肠道免疫细胞的产生有积极的影响。因此平时可以多吃一些富含益生菌的食物，比如酸奶、泡菜以及发酵的蔬菜，如果无法从食物当中获取足够的益生菌，则可以在医生的指导下服用益生菌补充剂。除了益生菌之外，还要补充益生元，这是一种不易消化的纤维，能够给肠道当中的有益菌提供食物，使有益菌茁壮的成长，因此可以多吃一些富含益生元的食物，比如青香蕉、大蒜、洋葱、韭菜等等。

我们肠道的微生物分为三个大类：有益菌群、有害菌群和中性菌群。一般在正常情况下，人体菌群结构相对比较稳定，基本上肠道内有益菌的比例达到70%。而且，人体还是一个可以自己生产益生菌的大工厂，我们每天吃进的食物经过肠道消化、分解和发酵可产生大量的益生菌群，这是人类肠道与生俱来的生理功能。

发酵：开始用益生菌在40℃条件发酵5分钟，然后再用保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌发酵，使益生菌在乳中成为优势菌群。由于益生菌是一类厌氧菌群，因此发酵时发酵液不要搅动，以免空气混入，影响发酵。后发酵时间在12小时以上。

富含益生菌的食物：益生菌能维护肠道健康，调节便秘或腹泻，还能间接促进整体健康，例如缓解过敏、提升免疫力等。富含益生菌或能起到类似作用的食物有酸奶或一些发酵食品。

发酵方法同发酵鸡饲料相同。准备一个200斤的塑料桶，将饲料混合好后放入桶中，另外准备一个水桶，加入100斤水和1斤水产用益生菌酵素搅拌好，将混合好的酵素水逐步加入到饲料中搅拌均匀，干湿程度达到手握成团，指间有水而不滴为准，密封发酵2天闻道淡淡的酒香味即可投喂。发酵粪水：按500倍益生菌酵素配备红糖和益生菌酵素。发酵方法：用温水溶化红糖，加入益生菌酵素搅匀后泼洒粪池，将粪液搅匀，用塑料薄膜密封池口，每l-2天搅拌1次，5-7天后发酵成功，即可泼洒施用。注意事项益生菌是有效微生物，宜在常温下避光保存，底部稍有沉淀或浮有些微白沫均属正常，摇匀后使用。

俄罗斯科学家（免疫学之父）提出了乳酸杆菌和人体健康有益的理论，被尊称为益生菌运动之父。他甚至建议，这说明直接口服活菌是有理论依据的。